Чтобы включить лог медленных запросов, нужно открыть конфигурационный файл MySQL (путь может отличаться):
nano /etc/mysql/my.cnf
и поправить там настройки:
До версии 5.7
log_slow_queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log long_query_time = 1
Начиная с версии 5.7
slow_query_log = /var/log/mysql/mysql-slow.log long_query_time = 1
log_slow_queries (slow_query_log) указывает путь к файлу настроек
long_query_time указывает минимальное время выполнения запроса, после которого он считается медленным в секундах,
После этого необходимо перезапустить MySQL:
/etc/init.d/mysql restart
После этого в файл /var/log/mysql/mysql-slow.log будут попадать медленные запросы, которые Вам прийдется оптимизировать.
