Чтобы настроить wiki для виртуальной директории, нужно в папке /etc/apache2/conf-enabled добавить файл, например wiki.conf
Заполнить в нем следующую информацию.
Alias /wiki /var/www/wiki
Далее перезапускаем apache
service apache2 restart
Если сайт уже был настроен (файл LocalSettings.php уже есть), то в файле конфигурации нужно прописать следующие настройки
$wgScriptPath = "/wiki";
